使いにくい機能/足りない機能

早速いくつかの意見を頂きまして、一部修正をはじめました。メジャーな機能で無い場合は、即日実装する場合もありますので、小さな変更希望等がありましたら是非それらもコメント欄でお寄せください。画像は、コメントいただいたグラフのDirectionalityに基づいてノードを選択するという機能を追加したものです。大きな機能追加に関しましても、引き続きアンケート欄で募集しておりますので、ご協力よろしくお願いします。

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Cytoscape 3に欲しい新機能は?

ようやく、Cytoscapeの新バージョンである3をベータ版としてリリースできる日が近づいてきました。

まずはv2.8で実装されて来た機能を持つバージョンとしてリリースし、その後、今まで実現が難しかったような機能を実装して行く予定です。そこで質問ですが、新しい機能を実装する場合、皆さんはどのようなものを望みますか?
下のアンケートに協力していただけるとありがたいです。

よろしくお願いします。

2/7/2011 東京でのCytoscape Q&Aセッション

急ですが、ナラプロテクノロジーズ様(http://nalapro.com/)のご好意により、2/7(月曜日)に小規模なミーティングを開催していただける事になりました。

今回は、既にCytoscapeを使っておられる方へのプロジェクトの現状説明(Cytoscape 2.x, Cytoscape 3, Cytoscape Webも含む)、Q&Aなどになると思います。

実際に使っておられて、問題などがある場合は、是非この機会にどうぞ。

参加ご希望の方は、下記の連絡先まで直接ご連絡ください。

Cytoscape Core Developer 
NRNB ( http://nrnb.org/ )

大野


Cytoscapeの大野さんを迎えて、Cytoscapeに関するQ & A セッションを開催する事になりました。ご興味のある方は下記まで申し込み、お問い合わせください。
場所・申し込み先:ナラプロ・テクノロジーズ株式会社
(東京都文京区本郷2-40-17 本郷若井ビル6F-B)
info@nalapro.com
03-3813-6140
日時:2月7日(月)10時~12時
定員:先着5名

PerlからCytoscapeを利用する

CytoscapeRPCと言うプラグインがありますが、これを利用することによりPerlスクリプトからCytoscapeを操作することができます。

簡単なはじめ方

独自ビルド版(依存関係も一緒にパックしてあります)をダウンロードしてpluginsフォルダにコピーする

cytoscapeRPC.jar

Cytoscapeを起動し、PluginメニューからCytoscapeRPC–>Activate Cytoscape RPCを選択する。ポート番号はそのままで構いません。

スクリプトを実行する前に、予めCPANからFrontier::RPC2をインストールしてください。

この状態で様々なメソッドをPerlから呼び出すことができます。サンプルコードはこちらにありますので、色々修正しながら試してみてください

https://wiki.nbic.nl/index.php/CytoscapeRPCPerlExample

Cytoscape 2.7がリリースされました

お待たせいたしました。Cytoscapeの最新版であるバージョン2.7がリリースされました。先にお知らせした新機能追加以外にも、たくさんのバグ修正を含んでおりますので、ぜひアップデートしてみてください。

不具合などありましたら、日本語のメーリングリストか、私の方へ直接どうぞ。


The Cytoscape team is proud to announce the release of Cytoscape 2.7!  This
release includes some exciting new features:

 * Nested Networks: A node may now have a reference to another Network,
which allows us to capture the relationships between networks in networks
themselves.
 * CyCommandHandlers: Addition of a mechanism to the core to provide
inter-plugin communication.
 * New Edge Types: Several new edge types between solid and dashed have been
added.
 * Newlines and list editing in attribute browser: The attribute browser has
been updated to allow newline characters to be added by pressing the "Enter"
key. List editing is now also enabled.
 * Automatic label wrap: A new visual property has been added that sets the
width of a label. Any label extending beyond this width will be
automatically wrapped.
 * Arrow color optionally locked to edge color: Arrow color may now be bound
to the edge color by checking a box in the Dependencies pane of the Default
Appearance Browser in the VizMapper, which avoids the necessity of creating
separate-yet-identical mappings for edge, source, and target arrows.
 * BioPAX Level 3 support.

You can get the release here: http://cytoscape.org

Cytoscapeを利用した論文の例

Cytoscapeを使ってみたいが、どのような利用例があるか?と言う質問をしばしば受けるのですが、論文の中にはCytoscapeの事を引用してあったりしてなかったりで、若干PubMed等で検索しにくいものもあります。利用例として、最近の論文を少しだけあげてみます。


以下の論文は、ナラプロテクノロジーズ社のテキストマイニング技術とCytoscapeを利用した、最近発表された日本の研究者による論文の例です。


IQGAP1 and vimentin are key regulator genes in naturally occurring
hepatotumorigenesis induced by oxidative stress.
Tsubota A, Matsumoto K, Mogushi K, Nariai K, Namiki Y, Hoshina S, Hano
H, Tanaka H, Saito H, Tada N.
A preliminary approach to creating an overview of lactoferrin
multi-functionality utilizing a text mining method.
Shimazaki KI, Kushida T.
Cytoscape開発に関わっているチームが最近出した論文でも、ネットワークの可視化とデータ統合部分では、ほぼすべてCytoscapeを利用していますので、参考にしてみてください。

The genetic landscape of a cell

Science. 2010 Jan 22;327(5964):425-31.


Genome Res. 2010 Feb;20(2):190-200. Epub 2009 Dec 9.

Bayesian network analysis of targeting interactions in chromatin.


PLoS Genet. 2009 Dec;5(12):e1000782. Epub 2009 Dec 24.

Genome-wide association data reveal a global map of genetic interactions among protein complexes.


Nature. 2010 Feb 11;463(7282):813-7.

Human host factors required for influenza virus replication.