とりあえず使ってみましょう

とりあえずCytoscapeがどんなものかを知るために、サンプルファイルを見てみましょう。
メニューのFile–>Openを選択すると、セッションファイルを選択する画面になります。セッションファイルとは、Cytoscape2.3から導入されたファイル形式で、基本的にはZipファイルです。その中に、ネットワーク、アトリビュート、各種設定などのファイルがまとめて入っています。Cytoscapeをインストールしたディレクトリに、sampleDataというディレクトリが出来ていますので、その中にあるgalFiltered.cysを選択して開いてください。以下のような画面が表示されるはずです。

session1.png

中央でネットワークを表示している部分をネットワーク・ビュー、右下に表示されているテーブルをアトリビュート・ブラウザと呼びます。ネットワーク・ビューで、右ボタンを押しながらマウスを前後に動かすとズーム、中央ボタンを押しながらドラッグする事でネットワークの表示範囲を移動する事が出来ます。現在ネットワークのどの部分を表示しているかは、左下のウィンドウで確認できます。
左ボタンドラッグで、ノード、エッジを選択すると、それらはアトリビュート・ブラウザに表示されます。そこでブラウザ内の矢印のアイコンをクリックすると、現在どのようなアトリビュート(属性)がメモリ内に読み込まれているのかが分かります。左クリックで属性を選択すると、ブラウザにそれらの値が表示されます。

session2.png


 
サンプルでは、マイクロアレイデータ、GO Term、種などの属性がネットワークに統合されています。これらの属性を元にノードの色や形を決定し、ネットワークの特性を視覚的に確認する事も可能です。この属性を元に、ネットワークのグラフィックスを操作する機能をVizmapperと呼びます。次のセクションでは、Vizmapperの基本操作を見てみます。

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