(Gene) Ontologyの可視化

とりあえず、オントロジーのデータ(今のところ、OBOフォーマットを基本としています)を、Cytoscapeのグラフモデルを使って表現できるようにしました。

godag.png


今後は、このデータと実際のPPIネットワークをどの様に有機的に結びつけるかになるわけですが、一気にグラフを描画してしまうやり方は、GO Slim(GOのサブセット)程度ならば問題ないのですが、巨大なオントロジーだと現実的ではないので、これからUIを詰めて行こうと思います。少くと も、以下のような機能は実装します:

  • 選択したオントロジーのタームからネットワーク内のノードを選択
  • 選択したタームから、その子にあたるタームを含めたネットワーク内のノードの選択
  • オントロジーが巨大な場合、選択されたタームからルートターム(GOの場合はBiological Process, Cellular Component, Molecular functionの三つ)への全パスを選択的に標示

こんな機能があれば便利だな、と言うアイデアがあればぜひ教えて下さい。

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