FAQ その1

とりあえず思いついたことや、コメントを頂いたことについて FAQとしてまとめたいと思います。まずは思いつくままに書いて、あとできちんとした形で公開する予定です。

  1. 画面に表示されている粗いグラフィックスではなくて、高品位の画像を出力したい

    Cytoscapeでは、画像として出力する場合、ビットマップ形(jpeg, gif, pngなど)とベクター形式(SVG, PS, PDFなど)の両方をサポートしています。出力される画像は、ネットワークの現在表示されている部分となります。その場合、画面上のノードの数が多くてラベルや輪郭などが表示されていない場合でも、ベクター形式の画像には全ての細部の情報まで出力されます。例えば、数万ノードの巨大なPPIネットワークをポスターに印刷するような場合は、ネットワークをレイアウトして画面にフィットさせた後、PDF等で出力、必要ならばAdobe Illustratorなどで修正して印刷して下さい。

  2. 全体を俯瞰している常態でも、細部までグラフィックを表示したい

    Cytoscapeでは、巨大なネットワークを扱う場合のパフォーマンスを重視して、デフォルトの状態では、大量のノードを表示している場合、細部の情報の描画を省略することによりスピードアップをしています。しかしながら、大量のメモリを積んだ最新のマシンでは、細部を描画しはじめるノード数などのリミットを大きくすることにより、俯瞰図でも細部まで描写することが可能です。このリミットの変更は、Edit –> Preferencesから、 render.*という一連の数値を変更することにより行なえます。例えば、 render.edgeArrowThresholdと言う価は、この数値以下のエッジが表示されているとき、エッジの先端の矢印を描写する事を表わします。マシンの性能にあわせて調整してみて下さい。

  3. VizMapperでノードのラベル等を変更すると、他のVisual Styleまで同じように変更されてしまう

    混乱しやすいのですが、 Vizmapper (Visual Style 以下VS)は、各VSの中にも、更にマッピングと言う単位を持っています。そしてVSとは、このマッピングの組み合わせで表現されています。つまり、ノードの色のマッピング、エッジの矢印の形のマッピングなどの集合が1つのVSを作っています。従って、あるマッピングが他のVSでも使用されていた場合、その変更は他のVSにも影響を及ぼします。

  4. ネットワークの名前を変更したい

    左側に表示されているネットワーク名を右クリック、Edit Network Titleで変更可能です。

  5. レイアウトアルゴリズムを実行したあと、ノードのサイズが大きすぎる

    レイアウトアルゴリズムによっては大きすぎるように思える場合があります。これはレイアウト後にVSのデフォルトのノードサイズ変更により適当な大きさに変えることが出来ます。

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