Cytoscape Retreat 2006 in SFの報告

cr2.jpg cr1.jpg
 
Cytoscape Retreat(Cytoscape開発者とユーザー、各研究機関のPIによる会議)が先月、サンフランシスコのUCSFで行われました。この会議では、Cytoscapeに関わる研究機関の開発者とPIにより、今後の開発予定や、組織ごとの役割分担などが決定されます。今回、Cytoscapeは公式に以下の機関による共同プロジェクトとなりました。

  • Agilent Technologies (ChIP chipなんかで有名な、HPからスピンオフしたライフサイエンス関連機器の開発企業)
  • Institute for Systems Biology (ワシントン州にあるLee Hoodが代表の、システム生物学の研究所)
  • Institut Pasteur (言わずと知れたフランスの研究機関)
  • Memorial Sloan-Kettering Cancer Center(MSKCC。cPathプラグインはここで開発されています)
  • UC, San Francisco (アメリカ西海岸のライフサイエンス研究拠点のひとつ。今回はここで開催されました)
  • UC, San Diego (カリフォルニア州La Jollaにある生命科学の研究が盛んな大学。私はここで働いています。)
  • University of Tronto (元MSKCCのGary Baderがこちらにラボを構えたので、今回新たに加わりました。)

それから企業スポンサーとして、ユニリーバ(紅茶のリプトンとか、シャンプーのLuxなんかで日本では知られていますね)も参加しています。それぞれの研究機関によって、プロジェクトへの関わり方は違いますが、基本的に全ての機関による合意で開発の方向性を決定して行き、年に一回のこの会議や、毎週行われる電話会議により具体的な機能などを詰めて行きます。
 
今回の会議では、12月にリリース予定の2.4の次のバージョンである2.5でどのような機能を加え、どのような部分を改善して行くのかが決定されました。2.5の目玉として、ユーザーから若干使いにくいと言われているVizMapper関連のバックエンド、そしてUIを大幅に書き換えを行う予定です。また、UCSFのConklin Labが中心になって進めているGenMAPPプロジェクトとCytoscapeをどのように融合させてゆくか、という事も話し合われました。
 
ポストゲノムの研究において、様々なタンパク質や遺伝子が絡み合うネットワークの解析は非常になってきていますが、そういった分野に関わる研究者の方々に使っていただくスタンダードになれたら、と言うのが我々の最終的な目標です。オープンソースのフリーウェアですから、学生さんのコースワークや研究にも気軽に使ってもらえれば、と思っております。単体で完結するソフトウェアではなく、プラグインにより様々な拡張を行えるプラットフォームとして、様々な方々にご利用、そして参加していただければ幸いです。

広告

コメントを残す

以下に詳細を記入するか、アイコンをクリックしてログインしてください。

WordPress.com ロゴ

WordPress.com アカウントを使ってコメントしています。 ログアウト / 変更 )

Twitter 画像

Twitter アカウントを使ってコメントしています。 ログアウト / 変更 )

Facebook の写真

Facebook アカウントを使ってコメントしています。 ログアウト / 変更 )

Google+ フォト

Google+ アカウントを使ってコメントしています。 ログアウト / 変更 )

%s と連携中