テキストマイニングによるネットワーク構築

生物学でのネットワークデータ(PPI、パスウェイなど)入手には、主に三つの方法があります。一つ目は、公開されているDIPReactomeなどのデータベースからダウンロードする方法です。もう一つは自らのラボからのデータを解析し、それをネットワークファイル化する方法、そして最後に、文献データを解析して、そこからネットワークデータを抽出するものです。
Cytoscapeには、Agilent社から無償で公開されているAgilent Literature Searchというプラグインがあります。これは、PubMedなどの複数の文献データベースに対してメタサーチをかけ、その文献から得られた情報を元にCytoscapeで利用できるネットワークデータを構築するソフトウェアです。ネットワークファイルとして公共データベースに公開されているもの以外にも、文献として公開されているPPIなどの情報もたくさんありますので、そう言った中からネットワークをマイニングする場合には非常に強力なツールとなります。

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