eXpandaとCytoscapeの連携


CytoscapeはJavaで書かれたソフトで、プラグインを自作して解析や一括処理を行ないたい場合は、Javaでプログラミングをしなくてはなりません。Javaは非常に大規模な開発を行なう事の出来る強力な言語ですが、ちょっとしたことを行ないたいときにはオーバースペックな場合も多いです。一方、Perlに代表されるスクリプト言語は、ちょっとしたプログラムをさっと書きたいときにはとても便利です。
ここで紹介するeXpandaは、Perlで書かれたネットワーク解析と可視化のライブラリです。SIF、GMLと言ったCytoscapeでサポートされているファイルフォーマットを入出力できるので、これを利用して一括処理を行なうスクリプトを簡単に書いたりすることが可能です。様々なデータベースもサポートしているので、eXpandaでデータの一括取得・各種解析処理・SIF化、その後Cytoscapeでインタラクティブな処理と言ったような事も出来ます。
「Perlなら使ってるけどJavaはちょっと・・・」と言う方には非常に便利だと思います。(特に生物学の世界では古くからPerlが広く使われているので。)

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