BioGRID


biogrid_human.jpg
BioGRIDは各種モデル生物のデータベースからインタラクションデータを集めた統合型データベースです。可視化ツールとして、おもいっきりOspreyへのリンクがトップページにありますが、もちろんCytoscapeでも扱えます。IDや遺伝子名から検索し、局所的なインタラクションを取り出すこともできますし、一括ダウンロードも可能です。
上のスクリーンショットは、ヒト関連のインタラクションを一括入力、可視化したもの。数ギガのメモリがあればストレス無く扱える量です。非常にメモリが安くなってきているので、増設にはいい機会かもしれません:-)

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