Cytoscape + R + igraph


Rはあらゆる統計や科学の世界で使われている便利な統計パッケージですが、そこにigraphと言うグラフ関連のライブラリがあります。この中には、複雑ネットワークなどの研究に便利な様々なデータモデルとオペレーションが用意されています。しかしながら、これらはあくまでコマンドラインとバッチ処理を念頭に作られたものなので、インタラクティブな処理には向いていません。そこで、グラフに対する一連のオペレーションや解析をR+igraphで行い、可視化にはCytoscapeを使うと便利です。以下は非常にシンプルな一例:

  1. igraphをロード:
    library("igraph")
  2. Barabasi-Albertモデルでネットワークを作成:
    graph2 <- barabasi.game(10000, power=1)
    (この例では10,000ノードのスケールフリーネットワーク)
  3. ネットワークをテキストデータとしてエクスポート:
    write.graph(graph2, "table2.txt", "edgelist")
  4. CytoscapeでFile–>Import–>Network from Tableよりインポート
  5. Cytoscape内の可視化機能を利用(上はその一例)

これらに加え、更にBioconductorなどのアノテーション機能なども取り入れると更に便利なのですが、それはまた別の機会に。

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