Cytoscape + R + Rgraphviz


RとBioconductor内のグラフモデルをCytoscapeに取り込む場合:

  1. > edgeList <- edgeNames(グラフオブジェクト名)
  2. > write(edgeList, "krogan2006.txt", ncol=1)
  3. Cytoscapeでは、File–>Import–>Network from tableからインポート。その際、区切り文字は「~」に指定。

基本的にはこれだけです。上の図は、ppiDataパッケージ内のKrogan2006BPGraphデータをCytoscapeに取り込んだものです。

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