遺伝子名のシソーラス


文科省が行なっている、ライフサイエンスデータベース統合プロジェクトと言うものがあり、その成果物の一つとして、遺伝子名のシソーラスがあります。これはナラプロ・テクノロジーズ株式会社の方々がプロジェクトの一環として作られたものなのですが、私からお願いしたところ、わざわざCytoscapeで使いやすいファイルを作って下さいました。ナラプロの皆様、ありがとうございました。まだ英語版ですが、ここにチュートリアルを用意しました。
遺伝子名は、データベース、もしくは研究機関等によって様々なものが使用されており、ドライな解析を行なう方々には結構頭の痛い問題だと思うのですが、こういったシソーラスを使う事によりある程度解決できます。チュートリアルの例では、EntrezGeneのIDがノード名として使われているネットワークをシソーラスを使ってアノテートし、更にそのアノテーションの情報を使ってGOのGene Associationファイルの情報を取りこむ、と言うことをやっています。

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