Biomartの統合

現在、様々な公共データベースが、アクセスの手段としてWebサービスAPIを公開しています。2.6ではWebサービスのクライアントプラグインを管理する機能を付けますので、簡単なユーザーインターフェースを書く事により、あらゆる種類のアノテーションにCytoscapeから直接アクセス出来るようになります。
まずは一例として、Biomartのインターフェイスを作成し、提供されているサービスにはほぼ全部アクセスできるようにしたいと思います。これにより可能になることは、

  • IDの相互変換
  • オーソログ、パラログなどの抽出
  • 各種アノテーションの自動インポート

などです。Biomartのページで色々試していただければ、どんな機能があるのか理解しやすいと思います。
因に現在でも、フィルターとタブ区切り出力の機能をあわせることによりBiomartからのアノテーションをインポートすることは可能です。以下を参照して下さい。
http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/GeneNameMapping

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