Cytoscape 3に欲しい新機能は?

ようやく、Cytoscapeの新バージョンである3をベータ版としてリリースできる日が近づいてきました。

まずはv2.8で実装されて来た機能を持つバージョンとしてリリースし、その後、今まで実現が難しかったような機能を実装して行く予定です。そこで質問ですが、新しい機能を実装する場合、皆さんはどのようなものを望みますか?
下のアンケートに協力していただけるとありがたいです。

よろしくお願いします。

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Cytoscape 3に欲しい新機能は?」への6件のフィードバック

  1. 常々欲しいと感じる機能を挙げてみます。既に議論済みで、不採用決定済みとしているものもあるかもしれませんがその場合はご容赦ください。

    (1) 正規表現による頂点・辺選択
    (2) digraph用の選択機能。例えば、out方向のみの隣接頂点選択などができるとありがたい。
    (3) subgraph機能とnested graph機能のシームレスな融合。インタラクティブにnested graphを作れるインタフェースがあると便利。
    (4) ノード頂点を移動する際にグリッド上に制約をかけられるモード。プレゼン用に清書するのに便利。
    (5) 一部の長時間実行時間のかかるレイアウトアルゴリズムの中断。(ライセンス上、内部に手が入れられないものはそれ用の仕組みが要りますが…)
    (6) 各レイアウトアルゴリズムのチュートリアル
    (7) Visual Mapperでの色指定Continuous Mapperで、値 vs グラデーションの自動マッピング(ガンマ指定付きならなお良し)。または、単純に値の対数/平方根変換トグル。
    (8) 右ドラッグ(zoom)と中ドラッグ(pan)を入れ替えて欲しい。中ボタンはホィールと被るから。(これはFAQでしょうね)

  2. ご意見ありがとうございます。

    > (1) 正規表現による頂点・辺選択

    3のデフォルトのサーチは、Apache Luceneを利用したものになりましたので、かなり近い事が出来るようになっています。

    http://lucene.apache.org/java/3_4_0/queryparsersyntax.html

    > (2) digraph用の選択機能。例えば、out方向のみの隣接頂点選択などができるとありがたい。

    これは確かに必要ですね。比較的簡単に実現可能ですのでTODOに加えます。

    (3) subgraph機能とnested graph機能のシームレスな融合。インタラクティブにnested graphを作れるインタフェースがあると便利。

    nested network自体はノードの右クリックで出来ますが、サブグラフ(グループ)のcollapse/expandがプラグインでサポートする形になっているので、コアに導入できないか検討します。

    (4) ノード頂点を移動する際にグリッド上に制約をかけられるモード。プレゼン用に清書するのに便利。

    これも含めたマニュアル修正機能の見直しは他のグループによって検討されているようなので、何か決定したらお知らせします。

    (5) 一部の長時間実行時間のかかるレイアウトアルゴリズムの中断。(ライセンス上、内部に手が入れられないものはそれ用の仕組みが要りますが…)

    自前の実装のものはキャンセルできるように修正しました。

    (6) 各レイアウトアルゴリズムのチュートリアル

    確かに各パラメータに関するドキュメントが足りていませんね。追加したいと思います。

    (7) Visual Mapperでの色指定Continuous Mapperで、値 vs グラデーションの自動マッピング(ガンマ指定付きならなお良し)。または、単純に値の対数/平方根変換トグル。

    対数を取ったりするのは、現在でもAttribute BrowserのFunctionを利用する事で可能ですが、Continuous Mappingのマップをリニア以外にもサポートするのはTODOに入っていますので、順次実装したいと思います。

    (8) 右ドラッグ(zoom)と中ドラッグ(pan)を入れ替えて欲しい。中ボタンはホィールと被るから。(これはFAQでしょうね)

    これも入れ替え可能なプロパティに変更した方がいいですね。

  3. 回答ありがとうございます。

    > (1)(4)
    Cool!

    > 何か決定したらお知らせします。
    wiki.cytoscape.orgのrecent changesを読めば済むのでしたらそれでも十分です。

    > (2)(5)(6)(8)
    ありがとうございます!

    > (3)
    大規模グラフをclusteringとhuman expertiseを使ってまとめることで抽象度の高い概念グラフを練り上げる作業をよく行うのですが、その際に、インタラクティブ(=subgraphのcollapse/expandが容易)な環境があると大いに助かります。
    subgraph機能は2.6の頃に幾つかプラグインで試していたのですが、あまり安定しておらず、本体に組み込まれて安定すればと願っていました。実現すればありがたいことです。

    > (7)
    現状のColor Continuous Mapperはかなり抽象度の低い使いづらいUIですが、幾つかのプリセットのグラデーションからの選択式だけでも多くの実用に耐えると思います。リニア以外の変換をサポートする前提でですが。例えば、Rには熱、地形、虹などがプリセットであります。
    例: http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/53.html の最後
    私の経験では、これにRed(dangerous)/Green(safe)、Red(hot)/Blue(cold)のグラデーションが欲しいところです。

    ちなみに、Attribute Browserで演算すればできるのは知っていますが、あれで最適な視覚表現をインタラクティブに探索する作業はちょっとやる気が起きません。(笑)

  4. #2に関しては早速実装しました。
    他のご意見も、実際に使って下さっている方からのものなので参考になります。

    まず現状の機能が動く状態でリリース後、操作性部分に関しては一度練り直して使いやすいものにしたいと思いますので、もう暫くおまちください。

  5. 早速の機能追加ありがとうございます。この件ですとコーディングは簡単でしょうが、元からあった無向グラフ隣接頂点選択がメニューの一段下の階層に押し下げられてしまって、既存のUIに満足していた人が不満に感じそうです・・・とか考えると、UI的には実は悩ましいのかも知れませんね。少ない操作シーケンス数というUIの一等地を巡る戦いというのは、UI/UXデザイナにとって頭の痛い問題でしょうから。

    さて、追加です。

    (9) ショートカット設定機能があると嬉しいです。インタラクティブな分析プロセスになるので、作業によって特定の操作の使用頻度が高くなることが多いからです。

    (10) 階層レイアウトの場合に顕著ですが、ラベルが長い時は隣の頂点のラベルと重なって見づらくなります。ラベルを45度とか30度とかにまとめて傾ける機能があると嬉しいです。頂点ごとに異なる角度を指定できる必要は無し。Tool PanelのRotateあたりのオプションとして指定できるくらいが適当?

    (11) 大規模digraphになると、辺を矢印で表示しても潰れて意味を成さなくなります。その様な場合はsrcとtargetに異なる2色を当てて辺のグラデーションで表すのが有効な可視化テクニックです。そういう訳で、辺に2色グラデーションを指定できると嬉しかったりします。これは、レンダラの性能と相談になるでしょうが。

    • 選択に関しては、今まで通りショートカットに加え、無向の場合の選択はツールバーのボタンで行えるようにしましたので、恐らく大丈夫だと思います。

      > (9) ショートカット設定機能

      これは必要ですね。それぞれ好みの組み合わせがありそうですから。TODOに入れます。

      > (10)
      ラベルの重なりを避けるLabel Force-Directed Layoutと言うものはありますが、ラベルの角度調整も割とリクエストが多いので、どのようなものが良いのか検討してみます。

      > (11)
      大規模なものでdirectionalityを表すには確かに有効な手法ですね。レンダラの改修等が必要になるので比較的大きな変更になりますが、「方向性の可視化の改善」で検討項目に入れたいと思います。

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